Στη Σχολή Μηχανικών λειτουργουν, είτε αυτοδύναμα είτε σε συνεργασία με άλλα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, τα εξής Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) :
Τμήμα Μηχανικών Τοπογραφίας και Γεωπληροφορικής
Τμήμα Ηλεκτρολόγων και Ηλεκτρονικών Μηχανικών
Επικοινωνίες και Δίκτυα Δεδομένων
Ηλεκτρικές και Ηλεκτρονικές Επιστήμες μέσω έρευνας
Διαχείριση και Βελτιστοποίηση Ενεργειακών Συστημάτων
Τεχνολογίες Ήχου, Βίντεο και Μετάδοσης
Διαδίκτυο των Πραγμάτων και Ευφυή Περιβάλλοντα
Τεχνητή Νοημοσύνη και Βαθιά Μάθηση (Διατμηματικό)
Προηγμένα Συστήματα & Μέθοδοι στη Βιοϊατρική Τεχνολογία
Βιοϊατρική Μηχανική και Τεχνολογία (Biomedical Engineering and Technology)
Προηγμένες Τεχνολογίες στη Ναυπηγική και Ναυτική Μηχανολογία
Τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής και Υπολογιστών
Επιστήμη και Τεχνολογία της Πληροφορικής και των Υπολογιστών
Κυβερνοασφάλεια
Συνδιοργάνωση με Μολδαβία, Καζακστάν
Δίκτυα Επικοινωνιών Νέας Γενιάς και Κατανεμημένα Περιβάλλοντα Εφαρμογών
Προηγμένες Τεχνολογίες Υπολογιστικών Συστημάτων
Τμήμα Μηχανικών Βιομηχανικής Σχεδίασης και Παραγωγής
Αυτοματισμός Παραγωγής και Υπηρεσιών
Μη Επανδρωμένα Αυτόνομα και Τηλεκατευθυνόμενα Συστήματα
Circular Economy and sustainability strategie (Κυκλική Οικονομία και στρατηγικές αειφορίας)
Αντισεισμική και Ενεργειακή Αναβάθμιση Κατασκευών και Βιώσιμη Ανάπτυξη
Αρχιτεκτονική και Δομοστατική Αποκατάσταση Ιστορικών Κτιρίων και Συνόλων
Εφαρμοσμένες Πολιτικές και Τεχνικές Προστασίας Περιβάλλοντος
Ολοκληρωμένος Σχεδιασμός Υδραυλικών και Γεωτεχνικών Έργων
Ενεργειακά και Περιβαλλοντικά Έργα
Βιομηχανικά Συστήματα Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου
Προηγμένα Βιομηχανικά Συστήματα Παραγωγής
Συνδιοργάνωση με το Πανεπιστήμιο Kingston University
Ενεργειακά Συστήματα
Συνδιοργάνωση με το Πανεπιστήμιο Heriot Watt (Σκωτία)
Έρευνα στη Θερμορευστομηχανική